耿恭字伯宗，从小就死了父亲。他为人慷慨，多有远大的谋略，具备将帅的才能。永平十七年冬季，骑都尉刘张带兵去攻打车师国，请耿恭担任他的司马，与奉车都尉窦固一起打败了车师国并使他们投降。（朝廷）开始设置西域都护、戊己校尉，于是任命耿恭为戊己校尉，屯驻在车师国后王部的金蒲城。

第二年三月，匈奴北单于派遣两万骑兵攻打车师。最终打败并杀了车师后王安得，接着进攻金蒲城。正巧这时显宗皇帝去世，车师国又背叛汉朝，与匈奴一起攻打耿恭，耿恭激励士卒打退了他们。车师后王夫人的祖辈是汉人，因而常悄悄地给耿恭通报敌人军情，并私下供给汉军粮饷。过了几个月，城中粮食吃光了，陷入窘迫的境地，就煮铠甲弓弩，吃上面的皮革和弦筋。穿着破裂的衣服，形体容颜憔悴不堪。耿恭一向与将士们坦诚相待，同生共死，所以大家都无二心，但是人却不断地死去，只剩下几十人。匈奴单于探知耿恭已陷入困境，一心要招降他。就派人来诱降耿恭说：“如果投降的话，当封你为白屋王，并且配美女给你做妻子。” 耿恭登上城墙拼搏作战，他把毒药涂到箭头上，于是拉开强弓射出毒箭，中了箭的匈奴兵，看着创口都溃烂了，于是大惊失色。恰巧这时刮起了暴风，下起了大雨，耿恭趁着风雨反击匈奴，杀伤了很多敌人。匈奴人很震惊害怕，相互传说道：“汉兵真是神人啊，太可怕了！”于是解兵离去了。

第二年，耿恭任长水校尉。同年秋天，金城、陇西羌叛汉。耿恭上表陈述方法谋略，皇帝下诏召他入宫咨询。于是派他率领五校(越骑、屯骑、步兵、长水、射声)士卒三千人，作为车骑将军马防的副将出征西羌。耿恭驻军枹罕，多次与敌作战。第二年秋天，烧当羌(西羌之一支)投降，马防还京师，耿恭留驻攻打尚未平服者，歼敌千余人，获牛、羊四万多头，勒姐、烧河羌等十三种羌几万人，都到耿恭军中投降。当初，耿恭出陇西时，曾上书朝廷，说：“故安丰侯窦融昔在凉州，甚得羌胡腹心。今大鸿胪固(即窦固)，即其子孙。前时窦固出兵天山，战功卓著，为全军之冠，适宜赐予大使职任，坐镇安抚凉州。可令车骑将军马防驻防汉阳，作为重要的威慑力量。”他这个建议违忤了马防的心意。于是，马防回京，指使监营谒者李谭劾奏耿恭，说他不以国事为忧，接到出征诏书时有埋怨之辞色。（因此）获罪被朝廷征召回京，把他下狱审治，后来，免除他的官职，责令他还归本郡。不久，耿恭死于家中。